Gdy "Sireny", siła obcych posiadająca arsenał znacznie przekraczający granice obecnej technologii, nagle się pojawiły, podzielona ludzkość po raz pierwszy stanęła w pełnej jedności. Cztery narody – Związek Orła, Królewski Marynarka, Cesarski Sakury i Żelazna Krew – utworzyły Azur Lane, wytyczając drogę do rozwoju nowoczesnej wojny, co doprowadziło do początkowego zwycięstwa nad wspólnym zagrożeniem. Jednakże ten kruchy sojusz został zagrożony przez przeciwstawne ideały, dzieląc alians na dwa. Cesarski Sakury i Żelazna Krew odłączyły się, tworząc Czerwoną Oś, a ludzkość ponownie stała się fragmentaryczna. Jako doświadczona i utalentowana wojowniczka, "Szary Duch" Enterprise ponosi nadzieję Azur Lane na zakończenie wojny. Ale za jej stoicką osobowością kryje się krucha dziewczyna, która boi się oceanu. Mimo to, nadal walczy, wierząc, że jest to jedyny cel jej istnienia. Tymczasem Javelin, Laffey i Unicorn – trzy statki z sojuszu – natrafiają na Ayanami, szpieg z Czerwonej Osii. Choć może to wydawać się dziwne, próbują się z nią zaprzyjaźnić, ale jako wrogowie ich wysiłki są bezowocne. Nadal jednak upierają się, licząc na sukces w przyszłości. Wśród nieustannych konfliktów wewnątrz ludzkości, klucze, które mogłyby zjednoczyć fragmentaryczny gatunek, mogą istnieć: żołnierz, która przychodzi do porozumienia ze swoją tajemniczą osobowością i przyjaźń między osobami o różnych ideałach.