Akcja rozgrywa się w Japonii w niedalekiej przyszłości, konkretnie w roku 2035. Dołośliło się do poważnego incydentu znanego jako "Burst", spowodowanego badaniami nad sztucznym życiem. Sztuczna inteligencja o nazwie "Matter" zniszczyła Przełom Kurobe. Rząd zakazał wstępu do miasta badawczego, które jest nazywane ostatnią nadzieją ludzkości. Dwa lata później Aiko Tachibana, 15-letnia dziewczyna, która straciła rodzinę w incydencie, dowiaduje się od nowo przybyłego ucznia Yuuyi Kanzaki prawdy o tajemnicy ukrytej w jej ciele, o której nie miała pojęcia. Mówi się, że klucz do rozwiązania zagadki znajduje się w Primary Point, centrum Burst. Gdy chłopak i dziewczyna, którzy niosą przyszłość ludzkości, się spotkają, jaka będzie nowa prawda?