Fala w czasie zmienia przebieg kluczowej bitwy II wojny światowej. Zaplanowano rutynowe ćwiczenia wojskowe, więc dowódca Kadomatsu i załoga najnowszego i najbardziej nowoczesnego krążownika liniowego Japonii, „Mirai”, są gotowi przetestować zaawansowany system Aegis. Zamiast tego trafiają do 4 czerwca 1942 roku – daty kluczowej bitwy pod Midway, w której japońska flota poniosła okrutne straty. Gdy nadgorliwy Kadomatsu ratuje jedną z ofiar bitwy, Kusakę, z tonącego myśliwca Zero, los „Mirai” jest przesądzony. Załoga składa ślubowanie, by nie dokonywać żadnych działań, które mogłyby jeszcze bardziej zmienić przeszłość. Jednakże muszą teraz stoczyć walkę z amerykańskim okrętem podwodnym w bitwie, która nigdy nie powinna była się wydarzyć. Tym samym uruchamiając łańcuch wydarzeń, które mogą na zawsze zmienić bieg historii!