Po pokonaniu tajemnego wroga Yuuma Tsukumo, wspierany przez Kaito Tenjou i Ryouga "Shark" Kamishiro, udaremnił plany Barians. Jednak Yuuma nadal wykonuje misję odzyskiwania Karet Numerów, aby przywrócić Astralowi wspomnienia. Siedem Barian Imperatorów dowiaduje się o wysiłkach Yuumy i Astrala i zaczyna same zbierać karty, aby osiągnąć swój ostateczny cel: zniszczenie świata Astrala w zamian za uratowanie własnego. Mimo że obecni są tylko pięciu z imperatorów, jednogłośnie postanawiają na zawsze zniszczyć Astrala i Yuumę. Tymczasem, korzystając ze swoich nowo nabytych mocy ZEXAL, Astral i Yuuma starają się wyeliminować siłę wroga, która zagraża Ziemi i reszcie wszechświata. Yu☆Gi☆Oh! Zexal Second ujawnia tajemnice i nieprzyjemne niespodzianki, które następują po trudnościach Yuumy. Gdy Astral zmaga się z zaakceptowaniem swojej przeszłości i konsekwencji, które mogła ona przynieść, czy bogowie będą nadal obdarzać Yuumę szczęściem w kolejnej niebezpiecznej przygodzie?