Sześć lat temu Kamui Shirou oraz rodzeństwo Monou, Fuuma i Kotori, byli nierozłącznymi przyjaciółmi z dzieciństwa. Po nagłej, okrutnej śmierci matki rodzeństwa Monou, Kamui został zabrany z Tokiyo przez własną matkę. W ciągu minionych lat żyli w spokoju, podczas gdy Kamui doskonalił swoje wrodzone zdolności telekinetyczne. Gdy jego matka umiera w 1999 roku, jej umierające życzenie zmusza go do powrotu do Tokiyo, aby stawić czoła swojemu "przeznaczeniu". Po powrocie Kamui do miasta jego zachowanie ulega drastycznej zmianie, a wzrost jego mocy demonstruje poprzez przemocowe starcia na ulicach. Różni przeciwnicy szukają go, pytając, czy jest "Kamui", ale wydają się domagać czegoś znacznie ważniejszego niż jego imię. Ci walczący reprezentują dwie przeciwstawne frakcje — Smoki Nieba i Smoki Ziemi — każda z nich stara się pozyskać go na swoją stronę. Łącząc ze sobą wskazówki dotyczące apokaliptycznego "obietnicznego dnia", Kamui zdaje sobie sprawę, że trzyma w swoich rękach los świata. W zależności od tego, z którą grupą Smoków się sojuszuje, może wybrać albo uratowanie świata — albo jego zniszczenie.