Flower Thieves rozgrywa się tysiące lat po wojnie między ludźmi a demonami, która zniszczyła większość życia na planecie, pozostawiając świat jako wypalone pustkowisko. W tej dystopijnej przyszłości manga śledzi losy dużej grupy ludzi, którzy są na skraju wyginięcia i mieszkają w przeludnionym mieście Upper Hose, gdzie kwiaty i inne rośliny są rzadkie i cenne. Gdy roślinożerny potwór zwany „Flower-Thief” atakuje tajemniczą dziewczynę o imieniu Jechika, młody chłopiec, Maxi, jest zmuszony użyć zabronionej broni ARM, aby ją uratować. Zostaje następnie wydalony z miasta za używanie nielegalnej technologii. W towarzystwie Jechiki i florysty o imieniu Gi Maxi wyrusza na dzicze w poszukiwaniu sposobu na przywrócenie równowagi natury na całym świecie i uczynienie ziemi ponownie zamieszkiwalną.