Akira Toudou, uczeń szkoły średniej mieszkający na północnym Okinawie, prowadzi spokojne życie ze swoją matką i starszą siostrą, Haruką. Jednakże pod tą spokojną egzystencją kryje się rodzinna tajemnica: Haruka odziedziczyła po ojcu, zwanym jedynie „Engine”, tajemniczą moc i całe życie ukrywała tę zdolność przed innymi. Akira, w przeciwieństwie do niej, nie odziedziczył nic. Męczy go kompleks niższości wynikający z własnej słabości. Następnie na całym świecie zaczęły dziać się dziwne rzeczy. Jaki jest cel nieznajomego wroga, który zbliża się do Akiry i jego przyjaciół? Teraz, gdy los wszechświata wisí na włosie, brat, który nie posiada nic, i siostra, która posiada wszystko, muszą odkryć, co mogą naprawdę osiągnąć razem.