W Japonii XVI wieku Shinmen Takezou jest dzikim, szorstkim młodym mężczyzną zarówno pod względem wyglądu, jak i zachowania. Jego agresywna natura przyniosła mu zbiorowe potępienie i strach jego wsi, co skłoniło go i jego najlepszego przyjaciela, Matahachi Honiden, do ucieczki w poszukiwaniu czegoś większego niż prowincjonalne życie. Para wstępuje do armii Toyotomi, tęskniąc za chwałą – ale gdy Toyotomi ponoszą druzgocącą porażkę na rękach klanu Tokugawa w bitwie pod Sekigaharą, przyjaciele ledwo unikają śmierci. Po rozdzieleniu się Shinmen wraca do domu, podejmując samowolną misję poinformowania rodziny Hon'iden o przeżyciu Matahachi. Zamiast tego okazuje się poszukiwanym przestępcą, oskarżonym o rzekome zamordowanie przyjaciela ze względu na swoją historię przemocy. Po schwytaniu zostaje powieszony na drzewie i pozostawiony, by umrzeć. Wędrujący mnich, wybitny Takuan Soho, zlitowuje się nad „diabelnym dzieckiem”, w tajemnicy uwalnia Shinmena i nadaje mu nowe imię, aby uniknąć pościgu ze strony władz: Musashi Miyamoto. Vagabond to fikcyjne opowiadanie o życiu jednego z najbardziej znanych szermierzy Japonii, „Świętego Miecza” Musashiego Miyamoto – jego wzlotu od szermierza, którego jedynym pragnieniem było stanie się „Niepokonanym pod Niebem”, do oświeconego wojownika, który powoli uczy się znaczenia bliskich przyjaciół, samopoznania i samego życia.