Setki lat po XX wieku natura i ekosystem zostały zniszczone przez użycie broni jądrowej i biologicznej. Większość Ziemi jest skażona i runie w ruinę, a większość roślin i zwierząt wymarła. Świat zmierza ku „Wielkiej Sześciójce”, szóstej masowej wymieraniu. Ludzkość zbudowała miasta w niebie, przenosząc tam zagrożone gatunki zwierząt i roślin. Przez wiele lat zwierzęta ewoluowały w tych izolowanych miastach. Dzięki sztucznej hybrydyzacji genetycznej nabyły mowy i dwunożności, budując życie i cywilizację wolną od niedostatku. Nikt już nie myśli o świecie poniżej. Pewnego dnia pojedyncze nasienie rośliny trafia do jednego z miast w niebie, gdzie dzieci Kui, Hiruma i Root je odkrywają. Nie mogąc oprzeć się pokusie zajrzenia na zewnątrz, postanawiają wyruszyć w przygodę, nie wiedząc, że po stanięciu na ziemi nigdy nie będą mogli wrócić.