Po nocnej rozmowie z ukochanym bratem, licealistka Arisa Minase budzi się następnego dnia w nieznanym kraju. Jest witana jako „Alice” przez bliźnięta o imionach Light i Shadow, którzy wyrażają ulgę z powodu powrotu Alice do domu. Arisa upiera się, że nie jest Alice, o którą im chodzi, ale dziwni mieszkańcy tego świata pozostają nieugięci w przekonaniu, że to ona. Po spotkaniu z uprzejmym, lecz tajemniczym Czarnym Królikiem, odkrywa, że jest uwięziona w miejscu zwanym Krainą Czarów, bez żadnej oczywistej drogi wyjścia. Dopasowując się do nowej rzeczywistości, Arisa spotyka różnorodne dziwne stworzenia, w tym przywiązany Cheshire Cat i leniwą świnkę Round. Jednak Kraina Czarów kryje więcej niż tylko to, co widoczne. Każda dzika osobowość, z którą teraz żyje, przypomina kogoś z jej poprzedniego życia, lecz żaden z nich nie rozpoznaje swoich dawnych imion ani powiązań. Jeszcze bardziej dziwne jest to, że czas w Krainie Czarów wydaje się statyczny, a każdy dzień jest identyczny z poprzednim. Nie ma końca tej cykli – z wyjątkiem tajemnic, które ukrywa Czarny Królik.