Tokio, 2049... Z powodu Reformy Galapagos wprowadzonej przez rząd, Rosja, Chiny, Ameryka i Japonia są teraz połączone systemem Hyper Loop. Ta globalizacja sprawiła, że Tokio stało się najbardziej przestępczym miastem na świecie. Aby zwalczyć rosnącą przestępczość, potrzebne są osoby, które działały w cieniu od okresu Sengoku... Są to... Shinobi!