Od zakończenia serii minęły trzy lata. Ryo pracuje jako inżynier w NASA przy dużym projekcie rakietowym. Anise, jego koleżanka z grupy Borgmanów i kochanka, została zredukowana do pracy w restauracji jako kelnerka. Naturalnie, gdy otrzymuje list z ofertą profesjonalnej pozycji w dużym, zaawansowanym technologicznie japońskim projekcie, chętnie ją przyjmuje. Ryo jednak pozostaje tak samo niezdecydowany jak zawsze, więc ona wyjeżdża do Japonii bez niego. Chuck Sweager, trzeci Borgman, pracuje jako policjant, podobnie jak jego dziewczyna Miki. Po zaobserwowaniu walki między kilkoma cyborgami, Miki informuje Chucka. On stanowczo odrzuca to jako niemożliwe, twierdząc, że jedynymi żyjącymi cyborgami są Ryo, Anise i on sam. Jednak ona przekonywa go, i zaczynają śledztwo. Po przybyciu na nową pracę, Anise spotyka się z nimi na kolację, a oni wyjaśniają jej sytuację. Ona zgłasza się, aby infiltrować projekt Heaven's Gate, który podejrzewają o bycie źródłem tych nowych cyborgów. Tymczasem Ryo jest w drodze do Japonii, aby dogonić swoją dziewczynę. Towarzyszy mu Hussan, jeden z dwóch przetrwałych badaczy z Projektu Borgman, który został poproszony o wystąpienie przed Tokijską Policją, aby pomóc w śledztwie. Gdy cała obsada zebrała się w Japonii, sprawy zaczynają się komplikować.