Dr. Oki, genialny naukowiec, który zaprojektował nowy typ okrętu podwodnego, zaginął. Jego syn, Susumu, podejrzewa zły spisek nieznanej grupy. Wie wszystko o okręcie podwodnym swojego ojca, „Super 99” – jego wyposażeniu, broni, funkcjach i pojemności. Susumu wierzy, że odnalezienie ojca odsłoni tajną organizację, Partię Hełmu, i powstrzyma ich spisek. Przy pomocy przyjaciół i Korpusu Morskiego wyrusza w podwodną podróż, nieświadomy, jak niebezpieczna jest jego wyprawa…