Nagisa Aoi rozpoczyna swoje nowe życie szkolne jako uczennica transferowa w Akademii Dziewcząt St. Miator, jednej z trzech prestiżowych szkół dla dziewcząt położonych na szczycie Astraea Hill. Po zgubieniu się w pierwszy dzień nauki, Nagisa spotyka tajemniczą uczennicę, której elegancja i urok są tak urzekające, że kończy w szpitaliku szkolnym. Po przebudzeniu witana jest przez Tamao Suzumi, swoją współlokatorkę, która z entuzjazmem przedstawia Nagisie codzienne życie i strukturę społeczną na kampusie. Co najważniejsze, Tamao opowiada jej o istnieniu wyjątkowej reprezentantki uczennic spośród wszystkich trzech szkół – Etoile, czyli „gwiazdy”. Chętna na spotkanie tej osoby, Nagisa odkrywa, że eteryczna piękność, którą spotkała wcześniej, Shizuma Hanazono, jest jedyną i niepowtarzalną Etoile! Co więcej, Shizuma wydaje się otwarcie zainteresowana Nagisą! Jej interakcje z Shizumą naturalnie czynią ją gorącym tematem na kampusie; jednak, mimo tak silnego oczarowania, Nagisa nie może nie zastanawiać się, czy coś nie gra. Strawberry Panic! śledzi codzienne rutyny Nagisy, Shizumy i ich przyjaciół w St. Miator, St. Spica i St. Lulim, podczas gdy te radzą sobie z wyzwaniami związków, konfrontując się z ukrytymi uczuciami, trwającymi żalem i nowymi możliwościami.