Po problemach, z jakimi Miharu Oozora zmierzyła się w Comet Blasters, Agencja Zarządzania Kryzysami Kosmicznymi (CEMA) dochodzi do wniosku, że nie może już w pełni polegać na ludzkich pilotach w misjach przechwytywania. W związku z tym przywraca się do testów przestarzały program wykorzystujący bezzałogowe statki kosmiczne. Tymczasem na wyspie Shimoji Mikaze i jej przyjaciele w końcu składają egzamin na licencję pilota, a na bazie pojawia się nowa grupa rekrutów. Sytuacja szybko się zaognia, gdy jedna z orbitalnych stacji niemal ulega awarii, co wymaga spontanicznej akcji ratunkowej. Gdy CEMA wewnętrznie pęka pod wpływem sporów o zarządzanie kryzysem, szersza tajemnica dotycząca komet zaczyna wychodzić na jaw.