Manga Star Ocean: The Second Story, zilustrowana przez Mayumi Azumę, jest adaptacją gry wideo Star Ocean: The Second Story, wyprodukowanej przez tri-Ace. Opowiada fabułę gry, koncentrując się na przygodach dwóch głównych bohaterów: Claude’a C. Kenniego, młodego podporucznika w Federacji Ziemi, który wyrusza na swoją pierwszą prawdziwą misję wraz z ojcem, oraz Reny Lanford, młodej dziewczyny mieszkającej w wiejskiej wiosce Arlia na planecie Expel. Seria anime Star Ocean EX, która opowiada na nowo historię z gry wideo, jest oparta na tej mangi. Manga nigdy nie została przetłumaczona na język angielski i dostępna jest wyłącznie w języku japońskim.