Akcja rozgrywa się po wydarzeniach z oryginalnej serii. Special A: Jougai Rantou wraca do perłowych bram prestiżowej prywatnej szkoły średniej Hakusenkan, siedziby klasy Special A, składającej się z siedmiu najlepszych uczniów. Hikari Hanazono rywalizuje z Keim Takishimą, aby pomóc jak największej liczbie ludzi, Megumi Yamamoto liczy na to, że skróci dystans między sobą a Yahiro Saigą, Finn Koupe Shuzette wreszcie ma szansę odwiedzić dom Ryū Tsujiego, a Tadashi Karino szuka prezentu dla Akiry Tōdou. Tymczasem krąży plotka, że pewien rodzaj czekolady może spełnić każde życzenie jej zjadacza. Wśród wszystkich tych perypetii w Special A każdy dzień jest pełen śmiechu i zabawy dla jej członków i ich przyjaciół!