W świecie Daikuuriku wszyscy ludzie rodzą się jako kobiety i wybierają swoją preferowaną płeć w wieku 17 lat. Pokojową teokrację Simulacrum bronią magiczne latające maszyny znane jako „Simoun”, które mogą być pilotowane wyłącznie przez młode dziewczęta, które jeszcze nie wybrały swojej płci. Maszyny te mogą aktywować magiczną moc zwaną „Ri Maajon”, zdolną do zniszczenia dużej liczby wrogów jednocześnie. Gdy zindustrializowane państwo Argentum decyduje się na inwazję na Simulacrum, aby poznać tajemnicę Simoun, wybuchają wojna, która wciąga „Sibyllae” Simoun (kapłanki pilotujące Simoun) w nierówną walkę. Ze względu na trwający konflikt, Sibyllae otrzymują zwolnienie z obowiązku trwałego wyboru płci na czas, przez który nadal latają. Aaeru, zdeterminowana młoda Sibylla o tajemniczej przeszłości, oraz Neviril, dowódca Chor Tempest, elitarnego skwadronu Simoun Simulacrum, muszą prowadzić swoje współkapłanki przez konflikty zarówno wewnątrz ich szeregów, jak i w powietrzu.