Latem 1999 roku siedem dzieci na kolonii letniej zostaje nieoczekiwanie przeniesionych do nowego i obcego świata, gdzie spotykają siedem Digimonów, które na nie czekały. Dzieci i ich Digimon wyruszają, aby ustalić swoją lokalizację i znaleźć drogę do domu, walcząc o przetrwanie przeciwko innym wrogim Digimonom zamieszkującym ten świat. Jednak po tym, jak dowiadują się, że zostały sprowadzone do Cyfrowego Świata w wyższym celu, przyjmują odpowiedzialność za rozwiązanie kryzysu, jaki go dotknął, oraz rolę „Wybranych Dzieci”. W miarę jak ich podróże trwają i stają twarzą w twarz z potężnymi złymi Digimonami zagrażającymi zarówno Cyfrowemu Światu, jak i ich własnemu, muszą również zmierzyć się ze swoimi wewnętrznymi demonami i dojrzewają; w rezultacie ich partnerzy Digimon zyskują możliwość ewolucji w coraz silniejsze formy.