Akcja Shisha no Teikoku rozgrywa się w Europie XIX wieku i koncentruje się na Johnie Watsonie. Rząd rekrutuje go na tajnego agenta. Jednak Watson żyje w świecie, w którym „Frankensteiny” — ludzkie zwłoki wyposażone w sztuczne dusze, służące jako siła robocza — są zatrudniane w celu przyspieszenia rozwoju przemysłowego.