Akira Houjou i Chiaki Asami to przyjaciele z dzieciństwa, którzy przeszli przez piekło i przeżyli, by opowiedzieć o swoich doświadczeniach. Przybywają do Japonii, aby uczęszczać do szkoły, gdzie wkrótce stają się świadkami korupcji i obojętności społeczeństwa tego kraju. Wściekli, Akira i Asami składują przysięgę, by stworzyć nową Japonię: schronienie z nową formą polityki, wolną od korupcji, w którym ludzie będą mieli możliwość uczestniczenia w polityce i kształtowaniu przyszłości swojego kraju. Aby to osiągnąć, Houjou i Asami zamierzają podbić Japonię dwoma drastycznie różnymi drogami: poprzez japoński parlament (Dietę) oraz japońską mafię (Yakuza). Decyzja zapada w grze w kamień, papier, nożyce – Houjou wyrusza, by przejąć kontrolę nad światem przestępczym, podczas gdy Asami dąży do stanowiska premiera. Sanctuary to mroczny thriller polityczny, który opowiada historię tych dwóch przyjaciół, gdy próbują zmienić Japonię od wewnątrz i stworzyć swoje schronienie.