Rok 200X. Każdy jest teraz połączony z Cyber Siecią. Osoby noszą ze sobą własne PET-y (Osobiste Terminale) i są sparowane z programem sztucznej inteligencji znanym jako NetNavi (lub NetNavigator). Komputery przekształciły świat w jasną i błyszczącą utopię, jednak w raju nadal panują kłopoty. Choć wynalezienie PET-ów i NetNavisów przyniosło światu znaczne korzyści, hakowanie komputerów, rozprzestrzenianie wirusów i inne przestępstwa high-tech stają się poważnym problemem. Pojawiła się złowroga organizacja o nazwie World Three, która przysięgła zniszczyć to technologiczne krainę marzeń. Wchodzi nasz młody bohater, Lan Hikari, niezwykle ciekawy i wesoły uczeń piątej klasy. zsynchronizowany ze swoim NetNaviem, MegaManem, staje się super-naładowanym dynamem. Zarówno wewnątrz, jak i na zewnątrz Sieci, Lan i MegaMan robią wszystko, by powstrzymać niekończącą się kampanię World Three mającą na celu przejęcie władzy nad światem!