Hiro to uczeń szkoły średniej, który żywo interesuje się przygodami. Według legendy w jego rodzinnym mieście ukryta jest coś naprawdę wspaniałego, lecz problemem jest ustalenie, czym dokładnie jest ten skarb i gdzie go szukać. Po znalezieniu w bibliotecie uczelni książki wypełnionej dziwnym pismem, rekrutuje swoją przyjaciółkę Puri, aby przetłumaczyła go dla niego. Okazuje się, że istnieje rzeczywiście legenda o bohaterze i jego towarzyszach, którzy łączą siły, aby odnaleźć magiczną jaskinię. Tymczasem młoda kobieta o imieniu Fauna cierpi na bardzo nietypową dolegliwość, która powoduje, że podczas chodzenia we śnie niekontrolowanie pragnie seksu. Ze względu na potencjalne niebezpieczeństwa, jakie stwarza jej stan, ona i jej przyjaciele są na tyle zaniepokojeni, że rozważają możliwość istnienia lokalnego przesądu. Mówi się, że istnieje kwiat, który może wyleczyć każdą dolegliwość, a jeśli to prawda, mógłby być rozwiązaniem problemów Fauny. Żadna ze stron w Rhythm: Koi no Rhythm nie zdaje sobie sprawy, że ich osobne ścieżki są jedną i tą samą, a ich przecięcie zaprowadzi ich na przygodę, której nigdy nie zapomną.