Pokemony to niezwykłe stworzenia występujące w szerokim zakresie typów i rozmiarów, posiadające zdolności, moce i osobowości tak zróżnicowane, jak i liczne. Doktor Yukinari Ookido poświęcił całe życie badaniu tych fascynujących istot, które można złapać, trenować, wymieniać i walczyć z nimi. Jednakże, jest tylko tyle, co może osiągnąć w swoim laboratorium. Mając to na uwadze, Ookido powierza dwóm młodym chłopcom własnego Pokémona oraz komputerową encyklopedię do ich katalogowania. Jeden z nich, Green, jest impertynencki, pełen pasji, nieco arogancki i własnym synem doktora Ookido. Drugi chłopiec, Red, jest równie pełen pasji i otwarty na świat z lekką naiwnością. Pokémon: The Origin śledzi Reda w jego podróży przez region Kanto, podczas gdy próbuje on ukończyć swój „Pokédex”, łapiąc i katalogując wszystkie istniejące Pokemony. W trakcie tej podróży odkryje, że jest w nim więcej niż początkowo myślał. Red będzie musiał postawić siebie i swoich Pokémonów w test w specjalnych Gimnazjach, których liderzy służą jako kroki na drodze do Ligi Pokémon, aby wyzwać Elitarną Czwórkę i zostać Mistrzem Ligi Pokémon. Poza swoim celem zostania Mistrzem, Red musi stawić czoła innym problemom. Istnieją inni, którzy łapią i trenują Pokémony z bardziej złowrogich powodów, a jednym z nich jest słynna organizacja przestępcza Team Rocket. Jeśli Red pokona ich, innych trenerów, swojego rywala Greena i dzikie Pokémony w całym Kanto, może spełnić swoje marzenie, a także marzenie doktora Ookido.