Jako stosunkowo nieznany, drobny bóg bez wyznawców, Yato, Bóg Dostaw, przyjmuje różne zlecenia za zaledwie pięć jenów, dążąc do zgromadzenia wystarczających środków na zakup świątyni. Jednak oprócz braku sławy, zmaga się z innym problemem: jego Shinki, czyli partner broni, postanowił zrezygnować, zmęczony towarzyszeniem bezdomnemu bogu. Pozbawiony broni, Yato bierze się za dodatkowe zlecenia, licząc na szybkie znalezienie nowego partnera. Podczas rozdawania ulotek o zaginionym kocie, Yato dostrzega zwierzę i pędzi za nim, wpadając prosto pod nadjeżdżające auto. Hiyori Iki, dziewczyna w pobliżu, rzuca się, by odsunąć Yato z drogi, i rani się w tym procesie. Po przebudzeniu w szpitalu odkrywa, że incydent spowodował oderwanie jej duszy od ciała. Uświadamiając sobie, że to jego działania doprowadziły do tej sytuacji, Yato obiecuje pomóc Hiyori w powrocie do normy – oczywiście za pięć jenów. Ale aby naprawić jej stan, potrzebuje nowego Shinki, którego znajduje w buntowniczym duchu o imieniu Yukine. Noragami opowiada historię dziewczyny, która chodzi po linie między dwoma światami, oraz wędrownego boga, który dąży do znalezienia miejsca, które będzie jego domem.