Kamui to ninja z okresu Edo, który postanawia opuścić swój klan. Po tym kroku jest nieubłaganie ścigany przez członków byłego klanu, którzy uważają go za zdrajcę i chcą go zabić. Kamui wędruje po Japonii, aby im uciec, korzystając ze swojego sprytu i wielkich umiejętności, by przetrwać. W trakcie serii Kamui zaczyna cierpieć na paranoję z powodu swojego statusu prześladowanego człowieka. Zaczyna wierzyć, że wszyscy chcą go zabić, i staje się nieufny wobec każdego, kogo spotyka.