Rok 20XX. Ninja, którzy kiedyś kształtowali historię Japonii, zostali rozproszeni po całym kraju podczas Restauracji Meiji. Gdy ci ninja integrowali się z innymi klanami, ich linie krwi rozrzedzały się, a oni stopniowo znikali z oczu publiczności. Potomkowie tych klanów ninja, dążąc do zachowania swojego dziedzictwa, utworzyli WNA (Światowe Stowarzyszenie Ninja) w nadziei na kontynuację swojej spuścizny. W rezultacie WNA udowodniło, że jest w stanie stworzyć Ninja-Gum, sztukę pozwalającą na przywołanie siły Shinobi. Jednakże stworzenie najpotężniejszego Ninja-Gum wymaga najsilniejszego DNA ninja. Dlatego też rozegrano Turniej Ninjala, aby zidentyfikować najsilniejszego ze wszystkich ninja...