Po schwytaniu za próbę zamachu na Raikage, przywódcę Kumogakure, oraz za zabójstwo jōninów z Kirigakure i Iwagakure, Naruto zostaje uwięziony w Houzukijou, zakładzie karnym znanym również jako Krwiana Więzienie. Mistrzem zamku jest Mui, która stosuje ostateczną technikę uwięzienia, aby wykradać moc więźniom. Wewnątrz tej placówki ktoś celuje w życie Naruto. Rozpoczęła się walka o udowodnienie jego niewinności i odkrycie prawdy, w której biorą udział Naruto i jego przyjaciele.