Nano Invaders opisuje wizualnie efektowne przygody 11-letniego Hikaru, który zostaje wplątany w serię konfliktów między dwoma rywalizującymi obcymi klanami. Pewnego dnia Hikaru przymierza bransoletkę należącą do swojej koleżanki z klasy, Mimi, i zamienia się w potwora. Rodzina Mimi pełni funkcję specjalizowanej jednostki rozpoznawczej z planety Anima. Gdy obcy najeźdźcy z rywalizującej planety Damon atakują miasto, Hikaru łączy siły z rodziną Mimi, aby im się oprzeć. Bitwa jest transmitowana w telewizji, co czyni z Hikaru i obcych natychmiastowych celebrytów. Prosty umysłem Hikaru jest zachwycony, że jego marzenie się spełnia, nieświadomy faktu, że rodzina Mimi również spiskuje, by podbić Ziemię!