Naked to manga składająca się z jednego tomu, zawierająca trzy opowieści skupione wokół dwóch chłopców, Ayumu i Chihiro. Dwie pierwsze historie rozgrywają się w piątej klasie szkoły podstawowej, koncentrując się na ich rozwijającej się przyjaźni i dołączeniu nowego towarzysza. Ostatnia opowieść przeskakuje o kilka lat do liceum, eksplorując pierwszą miłość Ayumu.