Świat pogrążył się w chaosie, dzieląc się na terytoria północne i południowe. Po zniszczeniu Kakamura te dwie ziemie rywalizują teraz o globalną dominację. W północnej i południowej części powstały stolice, każda rządona przez własnego Cesarza. W tej erze istnieją jednostki znane jako Shinobi lub Ninja.