Miko Yotsuya jest zwykłą uczennicą szkoły średniej, której życie zostaje zburzone, gdy nagle zaczyna dostrzegać groteskowe i odpychające potwory. Mimo ogromnego strachu, Miko upiera się przy codziennych obowiązkach, udając, że nie dostrzega otaczających ją grozy. Wytrzymuje ten lęk, aby chronić siebie i swoją przyjaciółkę Hanę Yurikawę przed krzywdą, nawet jeśli wymaga to konfrontacji z najbardziej przerażającymi istotami. Łącząc komedię z horrorem, Mieruko-chan opowiada historię dziewczyny, która próbuje radzić sobie z zjawiskami paranormalnymi, utrzymując obojętną fasadę.