Umierający planet Eltria jest jedynym domem Kyrie Florian, jej starszej siostry Amitie oraz ich rodziców, którzy są naukowcami badającymi metody ratowania tej planety. Niestety, rodzina Florianów jest zmuszona do opuszczenia planety, aby szukać leczenia dla swojego ojca, który zachorował na śmiertelną chorobę. Nawet z leczeniem szansa na przeżycie ojca Kyrie jest znikoma. Nie chcąc poddać się w sprawie ojca ani Eltrii, Kyrie sprzeciwia się życzeniom siostry i ucieka z domu na spokojną planetę Ziemi w poszukiwaniu rozwiązania. Tam Kyrie i jej przyjaciółka z dzieciństwa, Iris, ścigają magicznych stróżów Ziemi – Nanohę Takamachi, Fate Testarossę i Hayate Yagami. Nanoha i jej towarzysze trzymają w rękach klucz do spełnienia celu Kyrie, a młoda dziewczyna musi zrobić wszystko, co w jej mocy, aby go uzyskać. Jednak okazuje się to trudne dla Kyrie, ponieważ stróżowie nie poddają się łatwo jej prowokacjom. Co więcej, Amitie wkrótce przybywa na Ziemię, aby powstrzymać lekkomyślne działania młodszej siostry i sprowadzić ją do domu, co jeszcze bardziej komplikuje i tak delikatną sytuację.