W kraju Gazth-Sonika toczy się wojna domowa. Tamże najemniczka o imieniu Madlax działa z niemal nadludzką biegłością. W pozornie pokojowym kraju Nafrece Margaret Burton prowadzi spokojne życie. Choć ich losy wydają się oddzielone, obie są połączone tajemniczymi więzami oraz świętą księgą, której pragnie również tajemnicza organizacja Enfant. Gdy Margaret i Madlax podążają ścieżką przeznaczenia, zbliżają się coraz bardziej do odkrycia prawdy – bez gwarancji, że będą w stanie ją zaakceptować.