Zenigata wsiada na "Machine Gun Kelly", pływającym kasynie należącym do mafii, ponieważ Lupin zamierza ukraść jego pieniądze. Lupin i jego załoga udaje się włamać do sejfu na statku, ale nie udaje im się uciec z gotówką z powodu ostrzału ze strony Zenigaty. Jednak statek służy innemu celowi, o którym wie Lupin: poszukiwaniu zatopionego statku pełnego złota. Lupinowi udaje się ukraść te dane podczas pobytu na pokładzie, ale teraz muszą stawić czoła Zenigacie, mafii i tajnej organizacji mającej siedzibę pod Alcatrazem, próbując odkryć tajemnicę organizacji i zatopionego skarbu.