Zniszczcza choroba znana jako Melancholia rozprzestrzenia się w niektórych częściach miasta, powodując, że dotknięci nią ludzie tracą wspomnienia o swoich najważniejszych osobach. Toki Kazanami nie zdaje sobie sprawy, że zaraził się tą nieuleczalną chorobą, ale „przypadkiem” spotyka swoją zapomnianą ukochaną, Yunę Hanamiyę. Po tym przeznaczeni spotkaniu zostaje z dziwnym uczuciem, którego nie może zrozumieć...