Zdjęta na odległym szczytę góry, Biblioteka Kokoro ma trudności z przyciągnięciem licznych odwiedzających. Mimo to jest domem dla sióstr Iiny, Aruto i Kokoro, które uważają za swój obowiązek dbanie o bibliotekę w zastępstwie rodziców. Kokoro od dawna marzy o tym, by zostać bibliotekarką w bibliotece noszącej jej imię, i robi wszystko, by nadążyć za starszymi siostrami. Z powodu braku gości dziewczyny spędzają większość czasu na picie herbaty, gadaniu i czytaniu. Jednak gdy liczba tajemniczych odwiedzających stopniowo rośnie, Kokoro zaczyna odkrywać dziwną historię Biblioteki Kokoro — miejsca, w którym zdają się rodzić małe cuda.