Fabuła Kodomo no Jikan koncentruje się na 23-letnim Daisuke Aoki, który właśnie objął swoją pierwszą posadę nauczyciela w szkole podstawowej Futatsubashi. Został przydzielony do klasy 3-1, gdzie uczennica o imieniu Rin Kokonoe, bystra i figlarna, zakochuje się w nim i nawet ogłasza się jego dziewczyną. Agresywnie dąży do swojego celu, czyli bycia z nauczycielem, pomimo ryzyka, że straci on pracę, jeśli zbliży się do niego zbyt mocno. Sytuacja jest dodatkowo skomplikowana przez często złożone, splatające się relacje między nimi a ich przyjaciółmi, rodzinami i rówieśnikami.