Kimi wa Girlfriend koncentruje się na dziewczynie o imieniu Hatsune, która ma „złe usta”, przynajmniej tak się wydaje. Jest serdeczna, ale jej słowa wyrażają dokładnie przeciwieństwo jej intencji (prawdopodobnie dlatego, że wychowywała się wyłącznie pod wpływem mężczyzn). W rezultacie w szkole postrzegana jest jako arogancka i wulgarna uczennica, podczas gdy jej jedynym pragnieniem jest posiadanie chłopaka. To się zmienia, gdy dołącza do Klubu Pann i poznaje chłopaka o imieniu Kirie, który ma dziwne nawyki wywoływane za każdym razem, gdy dziewczyna zbliży się do niego na odległość stopy. Wszyscy, w tym Hatsune, uważają, że jest gejem. Jak będą ze sobą wchodzić w interakcje? Czy Hatsune w końcu znajdzie chłopaka? Czy będzie czymś więcej niż tylko przyjacielem?