Haruto Kirishima żyje spokojnym życiem w swojej wiejskiej miejscowości w prefekturze Hiroshima, dopóki Yuzuki Eba – tajemnicza dziewczyna z miasta – nagle nie zaczyna mieszkać z nim w jego domu. Yuzuki, o jasnej i kapryśnej osobowości, opuściła swoje życie w Tokio na rzecz spokojnej miejscowości, którą ciepło pamięta z dzieciństwa, i wtargnęła w życie Haruto. Znajdując się w niezręcznej sytuacji, Haruto musi teraz znosić spędzanie dni w szkole średniej obok tej niezgrabnej, darmozjadki. Jednak wraz z pogłębianiem się ich relacji, jego serce powoli zaczyna wahac się między Yuzuki a jego nie do końca ukrytą fascynacją – jego koleżanką z klasy, Nanami Kanzaki. Życie na wsi może być powolne i proste, ale problemy, które czekają na Haruto, są tak złożone jak miejska panorama. Opierając się na niepodważalnej nieprzewidywalności czasu, Kimi no Iru Machi ilustruje, jak jeden dzień może nieoczekiwanie zjednoczyć obcych ludzi, podczas gdy inny może nagle ich rozdzielić.