Od upadku organizacji DARK Jiro włóczy się bez celu, zastanawiając się, czy kiedykolwiek ponownie zobaczy Mitsuko. W trakcie swojej podróży Jiro spotyka piękną dziewczynę o imieniu Rieko, która chroni młodego chłopca Akirę przed złym profesorem Gilliem. Ironią losu jest to, że Akira jest synem profesora Gilla, ale jest również kluczem do jego groźnej tajnej broni oraz planów podboju świata.