Akcja rozgrywa się w niedalekiej przyszłości, kiedy ludzkość ukończyła budowę windy orbitalnej i zaczęła poważnie rozwijać zewnętrzne planety. Tajemniczy pozaziemski wróg znany jako „Obliquus” skierował swoją uwagę na Układ Słoneczny, a ludzkość wchodzi w stan wojny z pierwszymi spotkanymi przez nią obcymi. Aby przeciwstawić się przytłaczającej przewadze technologicznej wroga, Fundacja Khronos zebrała potomków bohaterów każdego kraju – od japońskich Musashiego Miyamoto i Ryōmy Sakamoto po francuskich Napoleona i Joannę d’Arc. Fundacja łączy tych potomków z bojowymi kombinezonami „Gear” jako specjalną bronią biologiczną, dając w ten sposób początek „Khronos Gear”.