Kanon opowiada historię Yuuichi Aizawy i jego powrotu do wiecznie śnieżnego rodzinnego miasta po ośmiu latach. Problem polega na tym, że Yuuichi nie pamięta swojego pobytu tam ani ludzi, których spotkał, więc musi stopniowo przypomnieć sobie wszystko. Naturalnie, ponieważ jest to historia miłosna, Yuuichi spotyka kilka dziewczyn, w tym swoją kuzynkę Naiyuki, obsesyjnie zakochaną w taiyaki Ayu, cichą Mai, uroczą, ale agresywną Makoto oraz umierającą Shiori.