Akao Hiiragi mieszka w Japonii i straciła całą pamięć, z wyjątkiem wydarzeń sprzed trzech lat. Pewnego dnia spotyka tajemniczego mężczyznę o imieniu Ryouhei, który mówi jej, że jest „kognatem” – osobą posiadającą specjalne moce, pozwalające jej pilotować roboty zwane Jinki. Na całym świecie zachodzi tajemnicze zjawisko znane jako „Zjawisko Zaginionych Życi”, w wyniku którego całe miasta są niszczone przez serię tajemniczych wybuchów o charakterze nuklearnym. Akao odkrywa, że nie jest to zjawisko naturalne, lecz dzieło tajemniczej i złej grupy o nazwie Hachishoujin, która również składa się z kognatów i pilotuje własne Jinki. Mimo że nienawidzi walki, Akao musi pilotować Jinki, aby chronić tych, których kocha.