W erze postępu technologicznego tylko kobiety mogą pilotować najzaawansowaną jednostkę militarną, jaką kiedykolwiek stworzono – Infinite Stratos (IS). Wykorzystując tę zdolność, kobiety przejęły pełną kontrolę nad wszystkimi działaniami politycznymi, społecznymi i gospodarczymi, spychając mężczyzn na marginesy społeczeństwa, gdzie muszą podporządkować się kaprysom swoich nowych, żeńskich panów. Ten stan rzeczy zmienia się, gdy Orimura Ichika, jedyny mężczyzna, u którego wykryto zdolność do pilotowania IS, trafia do centrum uwagi i zostaje przyjęty do prestiżowej Akademii IS. Otoczony przez populację dominowaną przez kobiety, Ichika ma zamiar udowodnić, że mężczyźni nadal mają swoje miejsce w tym świecie. Nie ma pojęcia, że jest dokładnie tym, czego te kobiety szukały.