Nie wszyscy są tak ulegli, jak się wydaje; niektórzy posiadają wrodzoną zdolność do zabijania bez skrupułów czy trudności. Ci zimnokrwistych zabójców nazywa się „Innocent Devils”, osobami, które zabijają z instynktu. Innocent Devil to historia małej Touko Kamijou, utalentowanej kryminalistki, która uważa Devils za kolejny etap ewolucji człowieka. Pracuje ona wspólnie z młodą Akane Shinkai, dziewczyną, która straciła oboje rodziców na rękach Devila osiem lat temu. Akane i Touko badają Devils, aby pewnego dnia Akane mogła naprawdę zrozumieć emocje związane z zabijaniem innego człowieka.