Tenma Matsukaze jest nowym uczniem szkoły średniej Raimon. Napędzany pasją do piłki nożnej, postanawia dołączyć do szkolnej drużyny, która zdobyła swoją reputację dzięki wybitnym występom dziesięć lat wcześniej w Football Frontier International, turnieju z udziałem najlepszych młodzieżowych drużyn na świecie. Niestety, niegdyś chwalona szkoła straciła ducha piłkarskiego, który kiedyś posiadała. Ten spadek jest głównie spowodowany tym, że piłka nożna w Japonii jest obecnie kontrolowana przez tajemniczą organizację zwaną "Piątym Sektorem". To oni sami decydują o wyniku każdego meczu, rozkazując drużynom, czy mają wygrać, czy przegrać. Działania Piątego Sektora zniszczyły japońskie drużyny piłkarskie, pozbawiając je miłości do gry. Tenma i jego koledzy z drużyny mają na celu zmianę tej sytuacji i walkę ze złymi oprawcami. Na szczęście nie będą stawać tej walki sami, ponieważ otrzymują pomoc od grupy znanej jako "Opor". Wspieraj chłopców z Inazuma Eleven Go, gdy walczą za sprawiedliwość!