Dawno temu sześć meteoritów uderzyło w Ziemię, tworząc sześć księżyców i pozostawiając za sobą pojedynczą wyspę. Ci, którzy nie dotarli na wyspę, zatonęli na dnie oceanu, gdzie z czasem powoli zamieniali się w kryształy. Gdy minęły niezliczone tysiąclecia, 28 tych skrzystalizowanych form życia, znanych jako Lustrous, wynurzyły się z głębin i osiadły na wyspie. Pod kierownictwem mądrego Kongou-sensei muszą bronić się przed pozornie nieskończoną liczbą Lunarian, mieszkańców księżyców, którzy chcą pozyskać ich cenne ciała do wyrobu broni i biżuterii. Houseki no Kuni koncentruje się wokół Fosforytu, młodego kamienia szlachetnego, który niedługo skończy trzysta lat. Niezgrabny, niezwykle kruchy i pozbawiony widocznych talentów, jest jednym z najsłabszych kamieni, niezdolnym do wnoszenia jakiegokolwiek znaczącego wkładu w walkę z Lunarianami. Ale gdy bitwa z pozaziemskimi inwazjami toczy się dalej, wkrótce dowiaduje się, że siła ma swoją cenę, której nikt nie powinien musieć płacić.