Tsubomi Hanasaki jest uczennicą drugiego roku szkoły średniej, która jest pasjonatką kwiatów i roślin. Pewnego dnia śni jej się tajemnicze kwitnące drzewo, które więje, powodując zniknięcie duchów. Po przeniesieniu się do Akademii Myodou, duchy ze snu pojawiają się przed nią. Proszą Tsubomi, aby stała się Pretty Cure i chroniła Wielkie Drzewo, ale ona odmawia. Jednak nagle atakuje tajemniczy wróg, a Serce Ziarna jej nowej koleżanki z klasy, Eriki Kurumi, jest skradzione. Aby uratować serce Eriki, nie ma wyboru i musi stać się Pretty Cure i walczyć.