Haunted Junction koncentruje się na szkole średniej Saitou – miejscu, w którym korytarzami błąkają się zarówno uczniowie, jak i duchy, oraz na Radzie Uczniowskiej, która dąży do utrzymania porządku dla wszystkich: Haruto Houjou, pilny syn pastora chrześcijańskiego; Kazumi Ryuudou, zakochany w dziewczynach syn buddyjskiego mnicha; oraz Mutsuki Asahina, córka shintoistycznego kapłana, która ma słabość do chłopców (którzy mają połowę jej wieku). Mimo że wiele duchów przebywających w korytarzach – i głębiach – Saitou ma dobre serce, wiele z nich nie jest takich. Aby oczyścić szkołę ze złych duchów i niebezpiecznych demonów, Rada Uczniowska korzysta z pomocy siedmiu odrębnych duchów obecnych w szkole (każdy z nich oparty na powszechnych mitach i opowieściach o duchach w japońskich szkołach), których można przywołać za pomocą siedmiu specjalnych odznak posiadanych przez Haruto.